SPOILER
Az MK9 története az Armageddon történései után indul be, amikor is mindenki meghal, Shao Kahn győz, Raiden a halál szélén áll. Raiden visszaküldi az MK1-es önmagának időn keresztül egy figyelmeztetést, hogy el kell kerülni a végzetet. MK9 story mód indul, a régi MK1-2-3 története halad alternatívabb vonalakkal, ahogy Raiden próbálja megváltoztatni az idővonalat. Az MK9 végére meghalnak jópáran, de Shao Kahn-t legyőzik. 25 év eltelik, MKX indul. Dióhéjban ennyi.
